Pierwszy pisemna relacja o Mikulowie datowana jest na rok 1173. Już w roku 1414 liczył Mikulow orientacyjnie 2500 mieszkańców. W tym czasie miasto tworzyło relatywnie mały gród, otoczony murem obronnym z rozległym przedmieściem. Pożary w latach 1536 (1536) i 1561 wewnątrz miasta, praktycznie doszczętnie zniszczyły pierwotną, gotycką zabudowę miejską.
Miasto Mikulow jako centrum całego majątku w latach 1249-1560 rozwijał początkowo ród Liechtensteinów. W latach 1575-1945 majątek przeszedł we władanie rodu Dietrichsteinów i za tychto czasów, miasto przeżywało swój największy rozkwit. Nowa, renesansowa przebudowa Mikulowa rozwinęła się w swej pełni po 1575 roku. Wyjątkową postacią dziejów miasta był książe, kardynał i biskup ołomuniecki Franciszek z Dietrichsteinów. Od czasu przejęcia przez niego mikulowskiego majątku w 1611 roku, systematycznie zmieniał wygląd miasta zarówno po stronie architektonicznej, jak również ekonomicznej i kulturowej, w rezydencję godną jego pozycji w państwie. To właśnie dzięki niemu, prowincjonalne miasteczko zamieniło się w dzisiejsze centrum Moraw. Jego orientacja we włoskiej, renesansowej kulturze i płynący z tego wybór architektów i budowniczych, nadały miastu nowy wyraz. Dobrze zapowiadający się rozkwit Mikulowa przyhamowało oblężenie i zdobycie miasta przez Szwedów w 1645 roku, po których następowały negatywne skutki tureckich i węgierskich walek oraz niszczycielskich pożarów z 1663 i 1719 roku.
Prace budowlane w Mikulowie nie ustawały. Tworzyli tutaj sławni budowniczowie i artyści- Johan Bernard Fischer z Erlachu, Lukas Hildebrant czy w późniejszym okresie, Ignac Lengelacher. W 1784 roku barokowy wygląd miasta poważnie naruszył najbardziej zgubny pożar w dziejach Mikulowa, który zniszczył ponad 350 domostw. Budynki miejskie po pożarze były bardzo pomału i skromnie odbudowywane, tym niemniej z końcem XVIII wieku w Mikulowie zamieszkiwało 7440 mieszkańców w 760 domach.
Budowa traci kolejowej, nowego węzła komunikacyjnego relacji Brno i Wiedeń przez Břeclaw w połowie XIX stulecia, wyłączyły Mikulow z sieci głównych szlaków handlowych. Spowodowało to sukcesywne wyludnienie miasta w następstwie odchodzenia jego mieszkańców głównie do Wiednia. Po zaniku ustroju patrymonialnego w 1848 roku, miasto stało się siedzibą starostwa powiatowego i sądu rejonowego.
Jako najtragiczniejszy dzień w historii miasta zapisał się dzień 22 kwietnia 1945 roku, kiedy to praktycznie doszczętnie spłonął mikulowski zamek. Wielce ostrożna restauracja zamku była przeprowadzona według projektu architekta Otokara Oplatka, który wziął również udział w budowie domów mieszkalnych w zniszczonym wojną mieście.
Wojennymi wydarzeniami i powojennym nastawieniem do historycznego dziedzictwa najwięcej ucierpiała zachodnia część historycznego grodu z żydowską dzielnicą, kiedy to w latach 60- tych przeprowadzano rozbiórki terenu ( około 227 budynków), włącznie z dolną synagogą; zachowano jedynie część pierwotnej zabudowy w ul. Husove. Od lat 60- tych Mikulow rozrastał się dalej, przede wszystkim w kierunku południowo- zachodnim, gdzie wdrożono 3-4 piętrową zabudowę terenu. Na mniej zagospodarowanym terenie, na zachód od miasta powstała strafa przemysłowa. Po reformie administracji państwowej, od roku 2003 Mikulow jest siedzibą urzędu powiatowego 3 stopnia. ( miasto na prawach powiatu).
Dzięki swemu geograficznemu położeniu miasto bywało miejscem spotkań wielu prądów kulturowych i religijnych różnych grup etnicznych, czego ślady są w mieście wyraźnie widoczne do dnia dzisiejszego. Oprócz współistnienia obok siebie Czechów i Niemców, już od XV wieku zaczęła się tu tworzyć wpływowa żydowska społeczność, która stała się jedną z najsilniejszych na Morawach. Od 1526 roku Mikulow był pierwszym miastem ziemi czeskiej, w którym przez prawie sto lat osiedlili się nowobaptyści czyli anabaptyści (znani także jako habani).
